Ao redor do Forte de São José do Rio Negro se desenvolveu o povoado do Lugar da Barra, que por conta da sua posição geográfica passou a ser sede da Comarca do São José do Rio Negro. Em 1755, por meio de Carta régia, a antiga missão de Mariuá foi escolhida como capital, passando a se chamar vila de Barcelos, anos mais tarde a sede foi transferida para o Lugar da Barra, que em 1832 tornou-se Vila da Barra, e em 24 de outubro de 1848, a Cidade da Barra de São José do Rio Negro. No entanto, com a elevação da Comarca à categoria de Província, em 1850, a Cidade da Barra, passou a se chamar em 04 de setembro de 1856, Cidade de Manaus, tornando-se independente do Estado do Grão-Pará. O nome lembra a tribo indígena dos Manáos, que habitavam a região onde hoje é Manaus antes de serem extintos por conta da civilização portuguesa, e seu significado é “mãe dos deuses”.

A partir de 1870, Manaus viveu o surto da economia gomífera, encerrando-se em 1913, em virtude da perda do mercado mundial para a borracha asiática, fazendo com que a cidade retornasse a um novo período de isolamento até o advento da Zona Franca de Manaus, em 1970.